马军于1999年发表了他的著作《中国水危机》。2004年，他入选耶鲁世界学者项目。2006年，他创立了公众环境研究中心（IPE），并且领导开发和推出了中国第一个公众环境数据库，以及“蔚蓝地图”这款移动应用程序，它能够可视化空气、水、海洋和土壤质量数据，并追踪数十万主要排放单位的表现。

2020 年，他领导推出了“零碳蔚蓝地图”，并与专业组织合作开发了区域碳达峰碳中和指数以及企业气候行动指数（CATI）。许多大型跨国公司和金融机构已经将“蔚蓝地图”数据和数字解决方案纳入其采购和投资准则，这促使超过两万家公司公开处理其违规行为，或测量揭露空气、水和碳排放数据。

2006 年，他被评为“绿色中国年度人物”，并被《时代周刊》评为全球100名最具影响力人物之一。马军还于 2009 年荣获麦格赛赛奖，2012 年获得戈德曼环境奖。2015 年，他获得斯科尔社会企业家大奖。2019 年，马军被生态环境部邀请成为特别观察员。2022 年，马军获得亚洲协会颁发的亚洲创变者奖。